В момент вступления немцев в город перед их глазами предстала следующая картина: «Таганрог, важнейший город Азовского моря, с населением 60–70 тысяч человек, в основном находится на шпорообразном полуострове, крутые берега которого ведут к морю. Во внутренней бухте, защищенной от ветра, находилась гавань, далеко выдающиеся молы, и все это увенчивалось маяком. Туда же примыкал пляж, купальни на сваях почти не использовались, и народ, стар и млад, купались обнаженными, в том виде, какими их сотворила природа. Женщины и девушки купались в стороне, но не так далеко, чтобы наша команда их не видела. Не считая лестниц и маленьких дорожек, только одна проезжая дорога соединяла портовый квартал с верхним городом. На противоположной стороне Таганрог вдавался в степь бесконечными домами с огромными промежутками. За исключением центра, Таганрог походил на большую деревню. Город состоял из затерянных в садах деревянных раскрашенных жилых домов. Они принадлежали мелким горожанам, пенсионерам, отставным чиновникам и офицерам, выбравшим для проживания Таганрог. В городе было несколько клубов, кинотеатры и кафе; один провинциальный театр».

Германские войска проходят маршем по улице Петровской. DeGolyer Library.
2 мая, в уже оккупированный Таганрог прибыла советская делегация во главе с Г.К. Орджоникидзе, возглавлявшим Чрезвычайный штаб обороны Донской Советской республики. Делегаты решительно потребовали от германского командования остановить дальнейшее вторжение в пределы Республики как в часть Российской республики. В свою очередь генерал фон Кнерцер отклонил протест, и, ответил, что немецкие войска действовали по приглашению украинского «правительства» с целью восстановления границ Украинской Республики. Кроме того, ссылаясь на приказ своего высшего руководства, он цинично заявил о намерении занять также Ростов-на-Дону как пункт важный в стратегическом отношении.
В числе первых мер, 3 мая германские оккупационные власти объявили жителям Таганрога несколько приказов: о запрете свободного доступа граждан на вокзал и на территорию железнодорожного депо; о сдаче в течение двух дней огнестрельного оружия; о запрете частных телеграфных и телефонных переговоров; о запрете митингов и собраний на улицах, площадях и в публичных местах (ресторанах, кафе). Кроме того, в городе с 9:30 вечера и до утра вводился коммендантский час. С наступлением темноты на улицах выставлялись германские патрули.
Местные органы управления частично сохранились, но решающую роль играла военная администрация – в Таганроге комендант барон фон Гюльтлинген, в Таганрогском округе коменданты Швайцербарт, граф Позадовский, которым принадлежала определяющая роль в административном управлении городом и близлежащими муниципальными образованиями. Это позволяло оккупантам без оглядки на местную власть заниматься беспрепятственной конфискацией и вывозом сырья, продуктов питания и иных товаров. Так, 21 мая 1918 года немецкий комендант издает приказ о запрете вывоза за пределы Таганрогского округа продуктов и фуража «необходимых для жителей и германских войск». В отдел иностранных дел Донского правительства посыпались жалобы населения, недовольного низкими реквизиционными ценами и произвольными изменения обменного курса германской марки. Реквизиции и грабежи стали системой хозяйствования немецких захватчиков — у крестьян отбирали без платы землю, хлеб, продовольствие, скот и сено.

Построение германских войск на Соборной (Октябрьской) площади. DeGolyer Library.
Отдельно хотелось бы обратить внимание и еще на один аспект деятельности оккупационных властей. По приказу немцев 22 мая 1918 года в городе создается «Особая комиссия» для предварительного рассмотрения жалоб на действия советских властей в период пребывания у власти большевиков. Данному органу были предоставлены полномочия на проведение обысков, выемок, арестов и вызов граждан для дачи показаний. Комиссия была полностью подконтрольна немцам и принимала жалобы и заявления непосредственно при комендантском управлении барона фон Гюльтлингена. Наибольшую актуальность ее деятельность приобрела в июле, после обвинения германских военных оккупационных властей в казни плененных бойцов Красного десанта, речь о котором пойдет дальше. Следует предположить, что Особой комиссии было поручено собрать или сфабриковать доказательства преступности советских органов власти за короткий период пребывания большевиков у власти в Таганроге, чтобы таким образом «обелить» свои собственные беззакония. В частности, командир 52-й Вюртембергской ополченской пехотной бригады Артур Бопп пытался оправдать предпринятые по его приказу карательные меры тем, что якобы «за три дня до вступления в город кайзеровских войск красными был убит известный царский генерал П.К. фон Ренненкампф».
Позднее, подготовленные немцами материалы были переданы «Особой комиссии по расследованию злодеяний большевиков», образованной 4 апреля 1919 года по указанию главнокомандующего вооруженными силами на Юге России генерал-лейтенантом Деникиным. В деле №40 деникинской комиссии, которое носит название «Акт расследования по делу о злодеяниях, учиненных большевиками в городе Таганроге за время с 20 января по 17 апреля 1918 года», содержатся сведения, опубликованные в местной прессе во время германской оккупации, а отдельные члены подконтрольной немцам комиссии значатся и в числе участников более поздней «деникинской» комиссии.